1．真菌性疾病
(1)黑鳃病
病原与病症：此病主要是淡水小龙虾鳃丝受真菌感染所引起。症状是鳃由肉色变为褐色或深褐色，直至完全变黑，引起鳃萎缩，病虾往往伏在岸边不动，*后因呼吸困难而死。
防治方法：①保持饲养水体清洁，溶氧充足，水体定期泼洒一定浓度的生石灰，进行水质调节。②把患病虾放在每立方水体3％～5％的食盐中浸洗2～3次，每次3～5分钟。
(2)螯虾瘟疫病
病原与病症：螯虾瘟疫病的病原是Aphanomyces属的astaci真菌引起。病症是病虾的体表有黄色或褐色的斑点，在附肢和眼柄的基部可发现真菌的丝状体，病原侵入小龙虾体内，攻击中枢神经系统，并迅速损害运动共济。病虾呆滞，活动性大为减弱或活动不正常，极易造成病虾大量 。
防治方法：保持饲养水体清新，并维持正常的水色和透明度是防治螯虾瘟疫病的有效方法。
2．细菌性疾病
(1)烂鳃病
病原与病症：病原为丝状细菌。症状为细菌附生在病虾鳃上并大量繁殖，阻塞鳃部的血液流通，妨碍呼吸。严重的鳃丝发黑、霉烂，引起病虾 。
防治方法：①经常清除虾池中的残饵、污物，注入新水，保持良好的水体环境，保持养殖环境的卫生安全，保持水体中溶氧在4毫克／升以上，避免水质被污染。②用每立方水体2克的漂白粉全池泼洒，可以起到较好的治疗效果。
(2)甲壳溃烂病
病原与病症：此病是由几丁质分解细菌感染而引起的。感染初期病虾甲壳局部出现颜色较深的斑点，后斑点边缘溃烂、出现空洞。严重时，出现较大或较多空洞导致病虾内部感染，甚至 。
防治方法：①运输和投放虾苗虾种时，不要堆压和损伤虾体。②饲养期间饲料要投足、投均匀，防止虾因饵料不足相互争食或残杀。③发生此病，用每立方水体15—20克的茶粕浸泡液全池泼洒。④每亩用5—6千克的生石灰全池泼洒，或用每立方水体2～3克的漂白粉全池泼洒，可以起到较好的治疗效果，但生石灰与漂白粉不能同时使用。
3．原生动物病
(1)纤毛虫病
病原与症状：纤毛虫病的病原体*常见的有聚缩虫、累枝虫和钟形虫等。纤毛虫附着在成虾、幼虾、幼体和受精卵的体表、附肢、鳃上等，大量附着时，会妨碍虾的呼吸、游泳、活动、摄食和蜕壳机能，影响生长、发育。尤其在鳃上大量附着时，影响鳃丝的气体交换，甚至会引起虾体缺氧而窒息 。幼体在患病期间虾体表面覆盖一层白色絮状物，致使幼体活动力减弱，影响幼体的发育变态。该病对幼虾危害较严重，成虾多在低温时候大量寄生。
防治方法：①彻底清塘，杀灭池中的病原，对该病有一定的预防作用。②用3％～5％的食盐水浸洗，3—5天为一个疗程。③用四烷基季铵盐络合碘(季铵盐含量为50％)全池泼洒，浓度0.3毫克/升。④保持合理的放养密度，注意虾池的环境卫生，经常换新水，保持水质清新。